Seit Gründung des Herzogtums Bayern war die Gemeinde St. Pantaleon bis 1780 bayrisch und kam nach dem Frieden von Teschen mit dem Innviertel (damals "Innbaiern") zu Österreich. Während der napoleonischen Kriege wieder kurz bayrisch, gehört St. Pantaleon seit 1814 endgültig zu Oberösterreich.
Nach dem "Anschluss" Österreichs an das Deutsche Reich am 13. März 1938 gehörte der Ort zum Gau Oberdonau. In dieser Zeit waren die heute getrennten Gemeinden St. Pantaleon und Haigermoos vereint. Nach 1945 wurde Oberösterreich wiederhergestellt und die Gemeinden St. Pantaleon und Haigermoos wieder getrennt. St. Pantaleon gehört zum Bezirk Braunau/ Inn und grenzt an das Bundesland Salzburg und an Bayern.
